ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรมีฐานะเป็นแผนกวิชาหนึ่งในคณะสหกรณ์ ซึ่งขณะนั้นมีคุณพระพิจารณ์พาณิชย์เป็นคณบดีคนแรก โดยคณะสหกรณ์ตั้งอยู่ที่บริเวณข้างวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม
ปี พ.ศ. 2495 คณะสหกรณ์ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “คณะสหกรณ์และเศรษฐศาสตร์” ทั้งนี้เพื่อให้การศึกษาเป็นไปได้กว้างขวางและให้นิสิตมีทางเลือกในการประกอบอาชีพมากขึ้น
ปี พ.ศ. 2499 คณะสหกรณ์และเศรษฐศาสตร์ได้ย้ายมารวมกับคณะอื่นๆ ที่บางเขนและได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “คณะเศรษฐศาสตร์สหกรณ์”
ปี พ.ศ. 2509 ได้เปลี่ยนชื่อใหม่อีกครั้งเป็น “คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ” ทั้งนี้เพื่อขยายงานการศึกษาให้เหมาะสมกับการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศ โดยปรับแผนการศึกษาให้ครอบคลุมทั้งทางด้านเศรษฐศาสตร์และด้านบริหารธุรกิจ
ปี พ.ศ. 2512 มีการปรับปรุงพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ขึ้นใหม่เพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารการศึกษา ทำให้แผนกวิชาต่างๆ ในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจเปลี่ยนฐานะเป็น “ภาควิชา” ซึ่งนับเป็นการเริ่มต้นอย่างเป็นทางการของภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร พร้อมทั้งได้ปรับปรุงหลักสูตรใหม่ จากหลักสูตรเดิมซึ่งมีระยะเวลาศึกษา 5 ปี ให้มีระยะเวลาศึกษาเพียง 4 ปี
ปี พ.ศ. 2532 ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร” ทั้งนี้เพื่อให้การเรียน การสอน และการวิจัยของภาควิชาฯ สามารถครอบคลุมเนื้อหาทางวิชาการทั้งในด้านเศรษฐศาสตร์เกษตรและการจัดสรรทรัพยากรมากยิ่งขึ้น
ปี พ.ศ. 2535 คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจได้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 2 คณะ คือ คณะเศรษฐศาสตร์ และ คณะบริหารธุรกิจ
ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากรเป็นหนึ่งในสามภาควิชาที่สังกัดในคณะเศรษฐศาสตร์ร่วมกับภาควิชาเศรษฐศาสตร์และภาควิชาสหกรณ์มาจนถึงปัจจุบัน
หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร เป็นหลักสูตรปรับปรุงใหม่จากเดิมคือหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร ที่ได้รับอนุมัติเปิดสอนจากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ตั้งแต่ปี 2513 มีการปรับปรุงการเรียนการสอนและรายวิชาให้มีความเหมาะสมและทันสมัยอย่างต่อเนื่อง จนกระทั่งปัจจุบันปรับเปลี่ยนเป็น หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร ตั้งแต่ปี 2554 เพื่อให้สอดคล้องกับกระแสโลกาภิวัฒน์ของระบบเศรษฐกิจโลกและการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศโลก ปัญหาวิกฤติอาหารและความมั่นคงด้านอาหาร และการเปลี่ยนแปลงด้านสังคมและวัฒนธรรม ที่ส่งผลต่อภาคเกษตรของไทย
หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาธุรกิจการเกษตร เป็นหลักสูตรปรับปรุงใหม่จากเดิมคือหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาธุรกิจการเกษตร ที่ได้รับอนุมัติเปิดสอนจากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ตั้งแต่ปี 2543 จนกระทั่งปัจจุบันปรับเปลี่ยนเป็น หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาธุรกิจการเกษตร อันจะนำไปสู่การสร้างองค์ความรู้อย่างเป็นระบบโดยการบูรณาการความรู้ด้านเศรษฐศาสตร์ บริหารธุรกิจ และการวิจัยในการจัดการสินค้าเกษตรและผลิตภัณฑ์